MÉDICO AUTÔNOMO- RPA ou NFSE

Colegas, uma médico autônomo, agora em janeiro precisa emitir RPA para empresa, conforme empenho que a empresa passou, pode ser feito RPA ou tem que ser nfse? 

Para médico que é pessoa física (autônomo), o correto é RPA, não NFS-e.
Ele só emite NFS-e se tiver CNPJ aberto (como PJ, clínica, consultório, SLU etc.) e inscrição municipal para isso. Sendo médico autônomo, sem empresa, a forma de pagamento por parte da empresa tomadora é via RPA com retenções.
Nesse RPA normalmente a empresa vai reter: INSS (11% limitado ao teto, se ele não comprovar recolhimento como contribuinte individual), IRRF conforme a tabela mensal, e ISS dependendo da regra do município (muitos retêm na fonte para autônomo).
Então, se ele ainda atua como PF, pode fazer tranquilo por RPA conforme o empenho. NFS-e só seria obrigatória se ele estivesse prestando o serviço como pessoa jurídica.